發(fā)布時(shí)間：2021-04-29來(lái)源：供稿：中科院再生生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 王莉
4月27日，華中農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)微生物國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室曹罡教授應(yīng)邀到中國(guó)科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院做學(xué)術(shù)報(bào)告交流。報(bào)告圍繞Development and Application of Biomacromolecule Spatial-Omics，介紹了曹罡教授實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的多種空間測(cè)序技術(shù)。本次報(bào)告由彭廣敦研究員主持。
曹罡教授從DNA、RNA、蛋白質(zhì)的空間測(cè)序以及空間整合connectome四個(gè)方面展開(kāi)報(bào)告。在DNA空間測(cè)序的報(bào)告內(nèi)容中，曹罡教授團(tuán)隊(duì)不僅發(fā)現(xiàn)在從單核細(xì)胞-巨噬細(xì)胞-M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)化過(guò)程中的細(xì)胞核形態(tài)變化，同時(shí)發(fā)現(xiàn)在細(xì)胞類型轉(zhuǎn)化過(guò)程中三維基因組的互作變化，得出在細(xì)胞的分化過(guò)程中或許伴隨著基因共表達(dá)系數(shù)TAD的降低過(guò)程。此外，通過(guò)三維基因組學(xué)的分析方法，發(fā)現(xiàn)了DNA病毒在入侵細(xì)胞基因組時(shí)，NF-kB在介導(dǎo)病毒DNA入侵宿主細(xì)胞過(guò)程中的作用，并經(jīng)過(guò)進(jìn)一步的探索，找到可抑制其作用的維生素藥物。
在RNA空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序部分，曹罡老師的技術(shù)原理不同于當(dāng)前基于二代測(cè)序的技術(shù)，而是在原位進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組擴(kuò)增的同時(shí)結(jié)合原位成像基數(shù)，從而實(shí)現(xiàn)組織的原位的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。稱為SSIP-seq的原位轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，結(jié)合pair-end的測(cè)序方式，不僅可以實(shí)現(xiàn)高達(dá)20%的轉(zhuǎn)錄組捕獲率，還可以實(shí)現(xiàn)亞細(xì)胞的分辨率、檢測(cè)到轉(zhuǎn)錄本上的堿基突變。
當(dāng)談到蛋白質(zhì)的空間測(cè)序時(shí)，不同于傳統(tǒng)的多輪抗原-抗體組合方式，曹罡教授的團(tuán)隊(duì)在抗體的末端連接了一段寡核苷酸，將蛋白的檢測(cè)轉(zhuǎn)化為對(duì)核酸的檢測(cè)，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)空間蛋白互作的解析，該方法比傳統(tǒng)的蛋白檢測(cè)方法靈敏度可高達(dá)100倍。同時(shí)，曹教授開(kāi)發(fā)的Pai-FISH方式，也有趕超RNAscope的勢(shì)頭。
最后，結(jié)合曹罡教授的神經(jīng)生物學(xué)以及神經(jīng)病原學(xué)的生物學(xué)背景，設(shè)計(jì)病毒攜帶不同的barcode片段，而后將病毒注射到腦內(nèi)核團(tuán)，利用病毒將barcode帶到不同的腦區(qū)位置。以Virus-tracing 的方式，結(jié)合最終的測(cè)序來(lái)解析神經(jīng)元之間的關(guān)系，建立腦內(nèi)的神經(jīng)環(huán)路，該方法有望用于神經(jīng)疾病的相關(guān)研究。
報(bào)告結(jié)束后，曹罡教授針對(duì)在場(chǎng)學(xué)生及研究人員提出的不同問(wèn)題，給出了詳細(xì)的回答。
講座現(xiàn)場(chǎng)
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